传染病旅客乘坐民航班机应办理的手续为：

1. 患有国家规定的甲类（鼠疫、霍乱及副霍乱、天花三种）烈性传染病旅客、国家禁止其乘坐民航班机。

2. 患有国家规定的乙类（回归热、流行性乙型脑炎、伤寒及副伤寒、猩红热、流行性脑脊髓膜炎、病毒性肝炎、俏髓前角灰色质炎，班疹伤寒、炭疽病、自喉、流行性感冒、森林脑炎、狂犬病、麻疹、百日咳、痢疾、黑热病、恙虫病、出血热、钩端螺旋体病、布氏菌病二十二种）急性传染病的旅客，因急救或一定要乘坐飞机时，须持医疗单位出具的证明向民航管理局提出申请，经管理局的领导批准，方可购票乘机。

3. 传染病旅客乘坐民航飞机，必须包舱或包机运送，其乘机手续同普通旅客乘机手续。